Office 2016 で通常使うプリンターの設定が反映されない

Office 2016 は購入したパソコンに付属でプレインストールされているものと、別途購入するものがあります。

前者はプレインストール版と呼ばれるもので、Microsoft ストアからインストールするストアアプリ版と、office.com の Web ページからインストールするデスクトップ版の2種類がありますが、最近は Microsoft ストアからのストアアプリ版がインストールされるようになっているようです。
※購入 PC が、2017年10月以降にリリースされた Fall Creators Update が適用済みの Windows が搭載されている場合は、ストアアプリ版の Office 2016 がインストールされるようになったようです。

また、後者は販売店で POSA カードを購入するパッケージ版と、Web サイトで購入するダウンロード版がありますが、殆どの場合 Office.com の Web ページからインストールするデスクトップ版になっています。

複数のプリンターを所有している環境で「通常使うプリンター」の既定のプリンターに設定を変更して印刷しようとした場合に、プレインストールされたストアアプリ版の Office を使用していると、印刷のプリンターが元のプリンターになっていて、「通常使うプリンター」を変更しても設定が反映されない現象が発生することがあるようです。
デスクトップ版の Office 2016 を使用している場合は設定通りのプリンターとなるので、ストアアプリ版の不具合による影響と思います。

Office 2016 がストアアプリ版とデスクトップアプリ版のどちらか確認するには、以下の方法で確認することができます。

■アプリと機能またはコントロールパネルのプログラム機能で確認する
Windows 10 の場合、画面左下の [Windows ロゴ] アイコンを右クリックして、アプリと機能を選択してインストールされているアプリの一覧を表示します。
他の Windows の場合は、コントロールパネルからプログラムのアンインストールを選択すると、インストールされているプログラムの一覧を表示できます。

表示されたプログラム一覧の中に、
Microsoft Office Desktop Apps がある場合は、ストアプリ版がインストールされています。
Microsoft Office xxxxx 2016-ja-jp (xxxxx はエディション名) がある場合は、デスクトップアプリ版がインストールされています。
※エディション名： Personal、Home & Business、Professional などのことです。

■ Office 2016 のアプリで確認する
Word、Excel などのアプリを起動して、[ファイル]タブ > アカウントを選択すると、右下のほうにバージョン情報が表示されます。
バージョン xxxx (ビルド xxxxx.xxxxx 〇〇〇) の〇〇〇部分が、Microsoft Store の場合はストアアプリ版、クイック実行の場合はデスクトップ版の Office 2016 となっています。

ストアアプリ版でプリンター設定に問題がある場合、Office の修復などを行っても殆どの場合改善されないように思いますので、デスクトップ版に変更して正常となるか確認したほうが良さそうです。
同じライセンスで Office 2016 をデスクトップアプリ版に変更、再インストールすることができます。

----- 2019-01-28 追記 -----
上記で Office 2016 がストアアプリ版の場合はデスクトップ版の再インストールを紹介していますが、デスクトップ版に変更して再インストールする前に、ストアアプリ版の Office 2016 の [リセット] を行って改善されるか確認を行ってみてください。
Print to PDF に固定されていたのが、[リセット] を行うことで既定のプリンター設定が変更可能になったという情報を聞きましたので、[リセット] を行っても改善されない場合に再インストールを検討されるのが良さそうです。

ストアアプリ版 Office の修復やリセット方法

----- 2019-03-08 追記 -----
Winows 10 の環境で、Office 2016 などのアプリの印刷で、プリンターのプロパティから設定した状態が保持されないような時は、Windows の設定で使用プリンターの設定を行ってみてください。

スタート ➜ 設定 ➜ デバイス ➜ プリンターとスキャナーで、右に表示されているプリンターを選択し、[管理] ➜ 印刷設定をクリックすると、プリンタードライバーの設定画面が表示されます。
ここで設定した内容が保持されるか確認してみてください。

----- 2019-06-11 追加 -----
MSDN の Microsoft Office サポートチームの記事に、関連する記事が公開されていました。
ストア版 Office で既定のプリンターが反映されないことがある

----- 2019-07-16 追加 -----
Office 以外の印刷は通常使うプリンターとなっており、Excel、Word などの OfficeOffice 2016 の印刷だけプリンターが Microsoft Print to PDF となってしまう場合は、以下の方法で改善されることがあるようです。

(1) スタート➜Windowsシステムツールのコントロールパネル➜プログラム➜プログラムと機能のWindowsの機能の有効化または無効化で、「Microsoft PDF 印刷」のチェックを外して [OK] とし、Windows を再起動する。
(2) 再起動後、上記の「Microsoft PDF 印刷」にチェックを入れて [OK] とし、Windows を再起動する。


＜関連する情報＞
Office2016（プリインストール）通常使うプリンタの設定が反映されない
ストアアプリ版 Office の再インストール方法

ストアアプリ版の場合、一部のアプリのメニュー表示が英語に変わってしまったり、デスクトップアプリ版のアドインで組み込まれる機能が正常に使用できないなどの問題が発生することもあるようなので、一度確認されておくと良いと思います。

Office 2016 (プリインストール版) のリボンが英語で表示される
Word 2016で、はがき印刷ウィザードが起動されない